A história do inicio da devoção a São Francisco de Canindé data ainda das primeiras missões franciscanas nesses sertões, ainda em 1758.
Um dos principais fatos para o início da romaria foi pelas primeiras graças atendidas em Canindé. Ainda na construção da primeira capela (iniciada em 1775 e concluída em 1796), uma desses fatos teve destaque como o que envolveu o responsável pela obra Francisco Xavier de Medeiros e o pedreiro de nome Antônio Maciel que em um incedente na construção de uma das torres do templo, o operário incidentou-se e pelo pedido de Medeiros a São Francisco o operário veio a se salvar de uma terrível queda, ficando preso pela camisa em uma das tábuas do andaime. Outro incidente também aconteceu com o próprio Medeiros, quando uma das tesouras de sustentação (da estrutura que sustenta o telhado) veio a cair sobre a coxa do mesmo, e todos imaginavam que aquilo seria o fim para que medeiros não tivesse mais presente na obra, mas no outro dia ele aparece totalmente recuperado. Isso fora o bastante para começar a se espalhar por toda a região a presença do santo.
São Francisco intercede pelos devotos
Anualmente o Santuário de Canindé recebe milhares de devotos e nos diversos espaços do Santuário como a Casa dos Milagres pode-se observar o quanto São Francisco continua a operar seus milagres. Lá pode-se observar muitas dessas graças alcançadas que são materializadas pelo agradecimento simbólico dos ex-votos, que são representações de partes do corpo: cabeça, perna, braços, coração, pulmão, entre outros (feitos de madeira, gesso…). Muitos outros pedidos também são feitos e atendidos pela intercessão de São Francisco. A fé é o grande alimento do devoto que faz com que o santo se torne presente e consigua assim no mais alto da graça divina atender os pedidos.