Terminada, em linhas gerais, a construção do Santuário de São Francisco das Chagas, os canindeenses requereram a fundação de um convento franciscano ao lado do novo templo, alegando que em vez de oferecerem as esmolas aos religiosos de Pernambuco preferiram inverte-las na manutenção de uma comunidade a ser estabelecida em Canindé.
Dada, porém, a sistemática supressão das Ordens religiosas pelo governo colonial, Canindé compartilhou a triste sorte de Oeiras, Aquiráse Natal, recebendo, em 1798, em lugar de guardiões franciscanos do Santuário, um capelão na pessoa do terciário de São Francisco Pe. João José Vieira o qual, em seguida, assumiu também a administração do patrimônio do Santo, continuando no exercício dos dois cargos até a sua morte em 1812.
Criação da Paróquia
As aspirações dos canindeenses, já por todo esse tempo, visavam a criação da paróquia de São Francisco, visto que o Pe. Vieira não podia satisfazer plenamente o seu sagrado ministério. Um requerimento, despachado neste sentido, antes de 1800, perdeu-se. Em 1801, os principais fazendeiros e outros moradores da zona encaminharam outra petição expondo a triste situação religiosa dos sertões canindeenses, lamentando a pouca diligência do vigário de S. José de Ribamar em atender às necessidades espirituais de seus paroquianos distantes e solicitando a criação de nova freguesia com a matriz de São Francisco das Chagas. O vigário de S. José, Pe. Cláudio Álvares da Costa, consultado a respeito, tentou desfazer os motivos alegados, caindo porém nos mesmos exageros de seus acusadores; pois o parecer escrito pelo Visitador eclesiástico, Pe. José Pereira de Castro e dirigido ao Governador da diocese de Olinda, apoiava, em parte, as queixas apresentadas pelos canindeenses. Entretanto o Governador da diocese deixou de aceder ao requerimento por esperar com brevidade o novo Bispo de Olinda.
Não consta ter havido outras tentativas no intuito de se obter a criação da nova paróquia até 1816, após a gestão do Pe. Francisco de Paula Barros, o qual, em 1813, fora empossado tão-somente como capelão e não como administrador do patrimônio, tendo deixado o cargo em dezembro de 1815, para se retirar às ribeiras do Banabuiu; foi substituído em Canindé pelo Pe. Rodrigo José de Melo.
Foi, pois, em 1816, que os canindeenses tornaram a requerer ao governo a graça solicitada em 1801. Apoiados que se viram desta vez pelo Capitão-mor Antônio José Moreira Gomes, pelo Governador do Ceará, Manuel Inácio de Sampaio, alegando este o recente aumento da população, e especialmente pelo Pe. Francisco de Paula Barros, o qual foi incumbido pela população de defende-lhes os interesses na corte do Rio de Janeiro. Com efeito, em fins de julho, seguiu o ex-capelão de Canindé para Olinda e reunidos na cúria diocesana os documentos necessários, partiu em agosto para o Rio, onde não só encaminhou o processo de fundação da freguesia de São Francisco, mas também o de sua colação como vigário, prestando, para esse fim, o costumeiro concurso, aos 28-1-1818.
Desta vez, o resultado não se fez esperar; pois, obtida a 1-8-1817, a confirmação do Governador da diocese de Olinda, foi desmembrada da freguesia de S. José a de São Francisco das Chagas e elevado à categoria de Matriz o Santuário do mesmo taumaturgo em Canindé. Aos 30 de outubro de 1817, o respectivo alvará régio recebeu a assinatura de Dom João VI no Rio de Janeiro.
Fonte: WILLEKE, Frei Venâncio, OFM. Livro São Francisco das Chagas de Canindé.